1976 yılında Kırıkkale'nin Keskin ilçesinde doğdu. 1994 yılında Keskin İmam Hatip Lisesinden, 1999 yılında ise Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesinden mezun oldu. 2001-2004 yılları arasında fahri Kur'an kursu öğreticiliği yaptı. 2004 yılında Adıyaman'a vaiz olarak atandı. 2005 yılında kısa bir süre Kahramanmaraş'ta görev yaptıktan sonra, 2005-2010 yılları arasında Konya merkez vaizliği görevini yürüttü.
2010-2015 yılları arasında Avustralya'nın Melbourne ve Almanya'nın Berlin şehirlerinde uzun süreli yurt dışı görevinde bulundu. Yurt dışı görevi dönüşünde Konya merkez vaizliğine devam eden Önen, 2016 yılında Konya Dini Yüksek İhtisas Merkezine girdi. Buradaki eğitimine devam ederken 2018 yılında Diyanet İşleri Başkanlığınca açılan il müftü yardımcılığı sınavında başarılı olarak Kırşehir İl Müftü Yardımcılığına atandı.
Hâlen bu görevi yürütmekte olan Zeynep Önen, evli ve üç çocuk annesidir.