1 Ocak 1961 tarihinde Çorum'un Merkez Sarışeyh köyünde doğdu. İlkokulu 1974 yılında köyünde, Çorum İmam Hatip Lisesini ise 1981 yılında tamamladı. 1986'da Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Kelam ve İslam Felsefesi Bölümünden mezun oldu. Akademik hayatına devam ederek 2008 yılında Erciyes Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünde Yüksek Lisansını ve Anadolu Üniversitesi İktisat Fakültesi Kamu Yönetimi bölümünü bitirdi. 2018 yılında Ankara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Din Psikolojisi alanında "Tanrı Algısı ve Peygamber Algısı İlişkisi" konulu teziyle doktor unvanını aldı.
Meslek hayatı boyunca sırasıyla Siirt-Eruh, Konya-Yunak, Almanya, Mardin-Midyat, Yozgat-Çandır, Bilecik-Pazaryeri, Çankırı-Korgun ve Çorum-Osmancık'ta İlçe Müftüsü olarak görev yaptı.
Dr. Eyyup Aydın, halen Kırşehir İl Müftü Yardımcısı olarak görevini sürdürmektedir.
İyi derecede Almanca ve Arapça bilen Aydın, evli ve altı çocuk babasıdır.